O Governo do Estado criou a Comissão Estadual de Fiscalização do Vale-Pedágio, através do Decreto nº 40.815, de 7 de junho de 2001, com alterações no Decreto nº 42.298 de 12 de junho de 2003 e por último alterado com Decreto Estadual Nº 45.414 de 21 de dezembro de 2007. 

Ela é composta por Servidores da Secretaria Estadual de Infra-Estrutura e Logística - SEINFRA, responsável pela Coordenação e Cooperação técnico-administrativa com delegação de competência, do DAER/DOPs, Comando Rodoviário Brigada Militar-CRBM e Secretaria da Fazenda, designados como Agentes de Fiscalização. 

A partir do mês de junho de 2004, em decorrência do Aditivo ao Convênio, a ANTT passará a integrar as atividades de fiscalização do Vale-Pedágio. Nas fiscalizações efetuadas em Rodovias Federais, a Comissão conta com o apoio da Polícia Rodoviária Federal. 

A Secretaria Estadual de Infra-Estrutura e Logística-SEINFRA, dispõe, também, de Junta de Recursos Administrativos de 1a Instância, para julgamento dos recursos apresentados pelos embarcadores ou equivalentes autuados e notificados pelo não cumprimento da legislação do Vale-Pedágio, em conformidade com o Decreto Estadual Nº 45.414, de 21 de dezembro de 2007 e publicado no DOE em 26 de dezembro de 2007.